员工工资申报错误一般分为两种情况，一种是已经申报，但是尚未缴纳税金，或者不需要缴纳税金，这种可以直接在自然人申报管理系统中进行撤销申报，或者更正申报。另外一种是已经申报，并且已经缴纳税金的，这样的就需要先去税务局大厅，撤销申报，或者上门补充申报，对于多交的部分需要申请退税，少交的部分，补交即可。